NYの街に突如として現れた大きな黒い影。瞬く間に市民を消し去っていく謎の敵により、世界は再び大きな脅威と直面する。しかし、世界を救ってきたアベンジャーズは、そのピンチに姿を現さない。CIA長官ヴァレンティ－ナは、誰がこの脅威から世界を救うのかを問いかけるが、絶望の中立ち上がったのは、かつてヒーローと対立したバッキー・バーンズだった。彼が仲間に誘ったのは、エレーナ、USエージェント、レッド・ガーディアン、ゴースト、そしてタスクマスター。全員が過去に悪事を犯したことのある“ならず者”たちだった…。チーム「サンダーボルツ」はこの脅威から世界を救うことはできるのか!?